Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Παρανεστίου άρχισε να λειτουργεί τον Οκτώβριο του 2002 και προσφέρει μια μοναδική ευκαιρία πολύπλευρης γνωριμίας με το εντυπωσιακό φυσικό περιβάλλον της Ροδόπης και της κοιλάδας του Νέστου. Αποτελεί την κύρια πύλη εισόδου στον οικοσυστημικό πλούτο της περιοχής και τη μεγάλη βιολογική και γεωλογική της ποικιλότητα. Ο εκθεσιακός χώρος του Μουσείου ξεπερνά τα 300 τ.μ.

Στο εσωτερικό του μουσείου υπάρχει ένας μεγάλος ανάγλυφος χάρτης που απεικονίζει τον ορεινό όγκο της Ροδόπης κι ένας πίνακας για τα θηλαστικά, τα ερπετά, τα νυχτόβια αρπακτικά πουλιά και τα αμφίβια.

Ακολουθεί μια βιτρίνα σχετική με τη γεωλογία της Ροδόπης, τα ορυκτά και τα πετρώματα της περιοχής (γρανίτης, ρυόλιθος, ψαμμίτης, οφθαλμογνεύσιο, πηγματίτης) και πετρώματα από άλλες περιοχές της ανατολικής Μακεδονίας και της Θράκης. Η δεύτερη και τρίτη βιτρίνα εκθέτουν χερσαία σαλιγκάρια κι αρθρόποδα (αράχνες, σκορπιοί, ισόποδα, μυριόποδα, κλπ.) και δείγματα από βρύα, λειχήνες, μύκητες και φτέρες.

Άλλες βιτρίνες με εκθέματα πληροφορούν για το φυσικό περιβάλλον της περιοχής (π.χ. τα κωνοφόρα δάση Ροδόπης, την υλοτομία, το αλπικό λιβάδι, τις εκβολές και τις λιμνοθάλασσες, τους θαμνότοπους) και τέλος για την οικονομία της περιοχής (τη γεωργία, την κτηνοτροφία και τον εναλλακτικό τουρισμό).