Το Μενοίκιο ως ορεινός όγκος χαρακτηρίζεται από το πολύ έντονο ανάγλυφο, που οφείλεται στα πετρώματα, τα οποία δημιουργούν τοπία με υψηλό δυναμικό αισθητικής. Στην ορεινή ζώνη υπάρχουν μάρμαρα, κατά θέσεις έντονα που δημιουργούν ενδιαφέροντες σχηματισμούς κοιλώματος σε σχήμα λεκάνης . Το στρώμα αυτό εμποδίζει τελείως τη διείσδυση του ύδατος στα βαθύτερα στρώματα με αποτέλεσμα τον μεγάλο αριθμό πηγών που εμφανίζονται στο Μενοίκιο και χαρακτηρίζουν την περιοχή της Δράμας μορφολογικά.

Στο Μενοίκιο όρος καταγράφηκαν περισσότερα από 500 φυτικά είδη, τα οποία συνθέτουν 20 περίπου οικότοπους. Έξι οικότοποι θεωρούνται ιδιαίτερης αξίας και τέθηκαν σε καθεστώς προστασίας. Οι οικότοποι της περιοχής προσφέρουν κατάλληλα καταφύγια για ένα σημαντικό αριθμό ζωών. Στην περιοχή της Μικρόπολης υπάρχει το συγκροτημένο δάσος από τις αιωνόβιες καστανιές. Επίσης υπάρχουν και δάση δρυός και οξιάς αλλά και πολλά ορεινά λιβάδια, αυτά τα όμορφα και πλούσια σε βιοποικιλότητα δάση του Μενοίκιου αποτελούν καταφύγιο πολλών άγριων ζώων.

Η πλούσια πανίδα και χλωρίδα κατατάσσουν το Μενοίκιο στις πιο σημαντικές ορεινές περιοχές της Ανατολικής Μακεδονίας και έχει ενταχθεί στο Ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000. Έως σήμερα έχουν καταγραφεί 31 είδη θηλαστικών, 15 είδη ερπετών και 6 αμφιβίων. Σημαντικός είναι για ένα ορεινό οικοσύστημα και ο αριθμός των ειδών των πουλιών που φτάνει τα 132 καταγεγραμμένα είδη. Επίσης χαρακτηριστικό του Μενοικίου όρους είναι τα άγρια άλογα που υπάρχουν. Εικάζεται ότι υπάρχουν πάνω από 100 τα οποία σχηματίζουν κοπάδια και κυκλοφορούν ελεύθερα στα λιβάδια του βουνού.

Η ύπαρξη του παραπάνω οικολογικού πλούτου είχε σαν αποτέλεσμα να έχουν σχεδιαστεί πεζοπορικές ή ήπιες ορειβατικές διαδρομές με σήμανση, μέσα σε δίκτυο μονοπατιών και δασικών δρόμων, με σκοπό τη γνωριμία των επισκεπτών με το φυσικό περιβάλλον. Επίσης υπάρχουν και αρκετές ορειβατικές διαδρομές που οδηγούν μέχρι την κορυφή του βουνού.